První příznaky onemocnění se obvykle manifestují mezi 2-6. rokem života změnami chování a rozvojem hyperaktivity s poruchou pozornosti. Postupně se prohlubují poruchy spánku s převráceným rytmem a noční nespavostí. Porucha spánku může vést až k úplné noční insomnii (nespavosti). Častá je výrazná a obtížně ovlivnitelná hyperaktivita. Také stavy autoagresivity a agresivity vůči okolí se objevují velmi často a jsou léčitelné velice obtížně. V tomto období však převládá hyperaktivita, v řadě případů enormně vysoká se závažnými dopady na projevy dítěte a možnosti jejich zvládání okolím.

V dalším průběhu onemocnění (někdy se používá i termín druhá fáze onemocnění) se dostavuje zpomalení a zástava vývoje a nakonec progreduje i úbytek již naučených dovedností. Opakované záněty středouší mohou vést k převodní poruše sluchu. Řečový projev se horší, eč se stává obtížněji srozumitelná, jednotlivá slova se často opakují, bez konkrétní vazby na určitý objekt.

Po období, kdy se již dítě naučilo hygienickým dovednostem a nepotřebovalo pleny, se dítě může začít znovu pomočovat, později se přidruží i inkontinence stolice. Některé děti však potřebují pleny neustále.

Po několika měsících, kdy se u dítěte prohlubovala deteriorace duševních schopností se v dalším průběhu nemoci (třetí fáze) může u dítěte objevit i fáze, kdy je onemocnění relativně stabilizováno. Postižené dítě se po určitou dobu již více nehorší, což dává rodičům falešnou naději na zlepšení. Nedochází však k významnějšímu zlepšení mentálních funkcí ani psychomotorického vývoje. Nemoc se na určité období „jakoby“ zastavila. Tento princip může být pozorovatelný i v dalších fázích nemoci. Popsány jsou případy pacientů, u nichž dochází k úbytku somatických i mentálních funkcí postupně, známy jsou však i situace, kdy posun do další fáze nemoci se odehrává náhle a „skokově“.

V poslední fázi onemocnění se prohlubuje neurologické postižení s těžkou poruchou kognitivních i sociálních dovedností a horší se i hrubá a jemná motorika. Časté je zakopávání a pády při ztrátě koordinace pohybů, neurologické postižení nakonec vyústí v potřebu používat pro transport dítěte invalidní vozík. U některých děti s MPS III se objevují epileptické záchvaty. Postižené dítě se stává tiché až letargické, nechodí, postupně ztrácí kontakt s okolím. V této fázi onemocnění je již při vyšetření mozku metodou CT nebo MRI vidět obraz progredující mozkové atrofie. Postupně se objevují polykací obtíže, které vedou ke ztrátě hmotnosti a kachexii, což vede k indikaci zavedení výživové gastrostomie.